Τα τελικά προϊόντα ελέγχονται στο εργαστήριο ποιοτικού ελέγχου ως προς τα οργανοληπτικά χαρακτηριστικά τους, (γεύση, οσμή, χρώμα κλπ.), ως προς τη σύστασή τους (χημικά) και ως προς την υγιεινή τους (μικροβιολογικά). Κρατούνται δείγματα από κάθε παραγόμενη παρτίδα ώστε να ελέγχονται ως προς όλα τα χαρακτηριστικά τους και μετά τη λήξη τους. Το εργαστήριο της ΝΕΟΓΑΛ εγγυάται την υγιεινή και ασφάλεια των παραγόμενων προϊόντων και την διακίνησή τους.
Το εργαστήριο ποιοτικού ελέγχου της ΝΕΟΓΑΛ είναι από τα πιο σύγχρονα στο χώρο της γαλακτοκομίας στην Ευρώπη, διαθέτει ηλεκτρομηχανικό και εξοπλισμού ελέγχου για όλη την γκάμα των αναλύσεων που απαιτούνται.
Το εργαστήριο της ΝΕΟΓΑΛ Α.Ε διαθέτει εξειδικευμένο προσωπικό, τόσο για τις χημικές, όσο και για τις μικροβιολογικές αναλύσεις. Διασφαλίζεται η υγιεινή και ασφάλεια των εισερχόμενων πρώτων και βοηθητικών υλών με πλήρης αναλύσεις. Ο ποιοτικός έλεγχος τόσο μικροβιολογικός όσο και χημικός ή άλλων παραγόντων, διεξάγεται σε όλες τις διεργασίες και σε όλα τα κρίσιμα σημεία που έχουν εντοπισθεί από το προληπτικό σύστημα Ασφάλειας των τροφίμων (HACCP) βάση του προτύπου ELOT 1416. Το εργαστήριο ποιοτικού ελέγχου της ΝΕΟΓΑΛ Α.Ε διαθέτει άδεια (έγκριση) αυτοελέγχου από το υπουργείο Γεωργίας.
Ο Βιολογικός Καθαρισμός των υγρών λυμάτων γίνεται σε διάφορα στάδια και στο τέλος της διαδικασίας, παράγεται <λάσπη αφυδατωμένη>, Διοξείδιο του άνθρακα και καθαρό νερό (μη επιβαρημένο), το οποίο καταλήγει στο δίκτυο της ΔΕΥΑΔ. Τα στάδια διεργασίας του βιολογικού καθαρισμού είναι τα εξής: